В настоящей работе предложена классификация институциональных систем инновационной деятельности по признаку, характеризующему степень интеграции образовательного процесса, фундаментальных и прикладных исследований. Проанализирована институциональная система инновационной деятельности в Краснодарском крае, определен ее тип, предложены направления совершенствования.