Основные направления научной деятельности Института проблем управления им. В. А. Трапезникова РАН, утверждённые Президиумом Российской академии наук 18 марта 2008 г.:

• Теория систем и общая теория управления;
• Методы управления сложными техническими и человеко-машинными системами;
• Теория управления в междисциплинарных моделях организационных, социальных, экономических, медико-биологических и экологических систем;
• Научные основы технологий управления подвижными объектами и навигации;
• Теория и методы разработки программно-аппаратных и технических средств управления и сложных информационно-управляющих систем;
• Научные основы интегрированных систем управления и автоматизации технологических процессов и управление производством.