Рассматриваются методологические основы исследования проблем безопасности на железно-дорожном транспорте, включающие: создание методологии исследования нештатных ситуаций и генерации сценариев функционирования объектов железнодорожного транспорта (ОЖТ) в этих условиях, выбор оптимальных сценариев развития ОЖТ, создание единого информационного пространства для решения задач управления транспортной безопасностью.