В 1962 году в Институте автоматики и телемеханики получили развитие (на базе лаб. №11 пневмо-гидравлической автоматики) работы в области теории автоматов, начались  работы по бионике и сформировалась работоспособная группа специалистов для работы в этих направлениях. В связи с необходимостью развивать эти новые направления 25 декабря 1962 г. приказом директора Института академика В.А. Трапезникова  была образована лаборатория теории и методов построения автоматов - лаб. №25.

С первого дня ее создания до 1991 г. Лабораторией руководил выдающийся ученый профессор М.А.Айзерман.

За этот период в лаборатории №25 под руководством  профессора, д.т.н. М.А. Айзермана проводились исследования по теории устойчивости, теории автоматов, теории графов, работы по управлению в медицине и биологии и огромный комплекс работ по теории выбора и анализа решений.

С 1991 по 1995 и с 2001 г. по настоящее время лабораторией руководит д.т.н. Ф.Т. Алескеров

С 1995 по 1997 гг. лабораторией руководил  д.ф.м.н.  А.В.Малишевский

С  1997 по  сентябрь 2001 г. лаборатория в полном составе была присоединена на правах сектора к лаборатории  № 57. Заведующим  сектором была назначена к.т.н. О.Е. Хуторская.

С 2001 г. вновь созданная лаб. №25 носит название – лаборатория им. М.А.Айзермана.

Работы сотрудников лаборатории внесли огромный вклад в науку об управлении, в становлении Института как общепризнанного мирового центра науки об управлении. Исследования ученых, которые работали и работают в лаб. №25, в таких областях как распознавание образов, теория конечных автоматов, медицинская кибернетика, теория выбора, теория политических процессов, составляют золотой фонд мировой науки

С первых дней создания лаборатории в ней трудились такие выдающиеся ученые как Э.М. Браверман и Л.И.Розоноэр  образовав совместно с М.А.Айзерманом «могучую тройку АБР». Их классические работы в теории обучения машин входят в учебники по распознаванию образов во всем мире.

Еще студентами МФТИ в лабораторию пришли А.А. Дорофеюк, А.Л. Чернявский, В.И. Чернов, Н.В. Завалишин, А.И. Литвинцев, А.В.Малишевский. Здесь проходило их становление как ученых. 

В  1964 г.  в лабораторию пришел Е.С. Пятницкий. В 1982 г. по инициативе М.А. Айзермана в Институте проблем управления РАН была организована лаборатория динамики нелинейных процессов управления (лаб. № 16), которую он возглавил и руководил ею до последнего дня своей жизни.   

В 1984 г. в лаборатории был создан сектор 25.1. под руководством А.А.Дорофеюка, защитившего к этому моменту докторскую диссертацию. В 1988 г. по инициативе М.А.Айзермана на базе этого сектора была создана лаборатория № 55 (обработки больших массивов информации в иерархических системах).

В 2015 г. из лаборатории выделилась группа под руководством д.ф-м.н. П.Ю. Чеботарева, образовав лабораторию № 70.

С 1962 по 1991 гг. заместителем М. А.Айзермана в лаборатории, постоянным и надежным его помощником была  к.т.н. Ирина Михайловна Смирнова. Она полностью брала на себя многие лабораторные заботы.

Совместно с Л.А. Гусевым. Ирина Михайловна занималась теорией автоматов, математической логикой, теорией графов.

С 1962 г. и до ухода на пенсию (199?) группой «бионики» в лаборатории руководила Екатерина Алексеевна Андреева. Созданная по инициативе Марка Ароновича Айзермана группа состояла из молодых инженеров-физиков (Л.А.Тененбаум, В.И. Чернов, А.И. Литвинцев), дипломников МФТИ, врача (Л.М.Захарова) и физиолога (А.Б.Лысенко). В начале своей деятельности для изучения принципов управления в живых организмах группа занималась экспериментальными исследованиями на биологических объектах (рыбках, крысах и кошках). Затем объектом исследования стал человек. Заложенные в тот период методы исследования развиваются и дополняются в наши дни. В лаборатории по- прежнему существует группа, занимающаяся медико-биологическими исследованиями.

Лаборатория внесла большой вклад в воспитание молодых кадров в Институте. В лаборатории учились и защищали диссертации аспиранты из Грузии, Армении, Азербайджана, Эстонии и Узбекистана. Международные контакты лаборатории широко известны. В разные годы в лаборатории проходили стажировку молодые ученые из Италии, Франции и США. Сотрудники лаборатории преподавали и работали в ведущих мировых научных центрах. Наши сотрудники и аспиранты живут и работают в США, Франции, Канаде и Израиле.

Сегодня сотрудники лаборатории читают лекции, и делают доклады в ведущих научных учреждениях мира, например, в Гарвардском университете, МТИ, Калифорнийском технологическом институте, Кембриджском университете и др., Ведутся совместные исследования с Кильским университетом, университетом Тор Вергата (Рим, Италия), университетом г. Турку (Финляндия) и др.

Cотрудники лаборатории преподавали в МФТИ, ВШЭ, РГГУ,  МИРЭА.  

Сотрудниками лаборатории были защищены 7 докторских и 26 кандидатских диссертаций, написаны десятки монографий, сотни статей по самым различным областям теории и практики управления (ссылка на основополагающие труды).

Лаборатория №25 в течение десятилетий проводила знаменитый общемосковский семинар «Проблемы расширения возможностей автоматов» и семинар «Экспертные оценки и анализ данных», который проходит и сегодня.