Институтом была создана сеть научно-образовательных центров (НОЦ) проблем управления на базе ведущих российских ВУЗов в целях объединения усилий и ресурсов ИПУ РАН и ВУЗов для:

• подготовки, переподготовки и повышения квалификации специалистов по приоритетным и перспективным направлениям науки и технологий на основе научных исследований и эффективного использования инновационного потенциала;
• проведения фундаментальных научных исследований по теории управления;
• осуществления научно-исследовательской деятельности и выполнения работна основе договоров с заказчиками;
• совместного участия в научных грантах;
• научно-методической поддержки и повышения качества учебного процесса по управленческим специальностям;
• организации стажировок и обучения (в магистратуре, аспирантуре и докторантуре) молодых исследователей;
• координации взаимодействия Советов молодых ученых и специалистов;
• участия в выполнении федеральных и региональных научных программ и проектов, в разработке научных прогнозов и проведении научно-технических экспертиз;
• научно-методической поддержки администраций и вузов регионов по проблемам управления;
• развития инновационных структур (технопарков, бизнес-инкубаторов, инновационных центров);
• развития информационных ресурсов (интернет-порталов, баз публикаций, интернет-конференций);
• проведения конкурсов научных работ студентов, аспирантов и молодых ученых по проблемам теории управления и ее приложений;
• организации и проведения конференций, совещаний, симпозиумов, семинаров, школ и других научных мероприятий, в том числе — для молодых ученых;
• осуществления издательскойдеятельности, выпуска и распространения монографий, сборников, брошюр, препринтов, учебных пособий, научно-технических, научно-методических и учебно-методических материалов.

На сегодняшний день успешно функционируют:

1. Арзамасский научно-образовательный центр теории и систем управления (на базе АПИ),
   руководитель — д.ф.-м.н. Пакшин Павел Владимирович;
2. Волгоградский научно-образовательный центр проблем управления (на базе ВолГУ),
   руководитель — д.ф.-м.н. Воронин Александр Александрович;
3. Воронежский научно-образовательный центр проблем управления (на базе ВГАСУ),
   руководитель — д.ф.-м.н. Головинский Павел Абрамович;
4. Казанский научно-образовательный центр проблем управления (на базе КГТУ),
   руководитель — д.т.н. Сиразетдинов Рифкат Талгатович;
5. Курский научно-образовательный центр проблем управления (на базе ЮЗГУ),
   руководитель — д.т.н. Емельянов Сергей Геннадиевич;
6. Липецкий научно-образовательный центр проблем управления (на базе ЛГТУ),
   руководитель — д.т.н. Погодаев Анатолий Кирьянович;
7. Магнитогорский научно-образовательный центр проблем управления (на базе МаГТУ),
   руководитель — д.т.н. Чукин Михаил Витальевич;
8. Новочеркасский научно-образовательный центр проблем управления (на базе ЮРГПУ),
   руководитель — к.э.н. Овчинников Петр Вячеславович;
9. Пермский научно-образовательный центр проблем управления (на базе ПГТУ),
   руководитель — д.т.н. Столбов Валерий Юрьевич;
10. Самарский научно-образовательный центр проблем управления (на базе СГАУ),
    руководитель — д.э.н. Гераськин Михаил Иванович;
11. Старооскольский научно-образовательный центр проблем управления (на базе СТИ),
    руководитель — к.т.н. Полещенко Дмитрий Александрович;
12. Тамбовский научно-образовательный центр проблем управления (на базе ТГТУ),
    руководитель — д.т.н. Краснянский Михаил Николаевич;
13. Тверской научно-образовательный центр проблем управления (на базе ТвГТУ),
    руководитель — д.т.н. Кузнецов Владимир Николаевич;
14. Тульский научно-образовательный центр проблем управления (на базе ТулГУ),
    руководитель — д.т.н. Кравченко Олег Александрович;
15. Уфимский научно-образовательный центр проблем управления (на базе УГАТУ),
    руководитель — д.т.н. Ильясов Барый Галеевич.
16. Южно-Уральский научно-образовательный центр проблем управления (на базе ЮУрГУ),
    руководитель — д.т.н. Логиновский Олег Витальевич.