В данной работе предлагается архитектура информационной системы сопровождения проектирования медицинских приборно-компьютерных систем оперативного мониторинга. Предложенная архитектура позволяет выбирать один из трех видов моделирования работы медицинской приборно-компьютерной системы в зависимости от размерности буфера ее процессорного устройства, а также позволяет проводить анализ нестационарных характеристик производительности такого рода систем. Для обеспечения хранения и повторного использования результатов вычисления разработана ER-диаграмма базы данных. С целью формализации процессов функционирования медицинских приборно-компьютерных систем построены структурно-функциональные модели IDEF0 для состояний AS-IS и TO-BE, которые позволяют выделить контур проектной оценки. В качестве математической основы для расчета характеристик производительности системы выступает аппарат теории массового обслуживания. В работе был выполнен анализ FLOPs-сложности алгоритмов аналитического, численного и имитационного моделирования работы системы массового обслуживания с ограниченным буфером и нетерпеливыми заявками. Полученные результаты показывают целесообразность учета вычислительной трудоемкости алгоритмов при выборе метода моделирования работы системы.