Проведен анализ предпосылок создания комплексной системы информационной безопасности организаций-субъектов системы управления интеллектуальной собственностью (ИС) в современных условиях. Рассмотрены характеристики и особенности построения объектов безопасности системы управления ИС, требования по обеспечению их нормального функционирования. Сформулированы цели и задачи комплексной системы безопасности субъектов ИС. Разработаны мероприятия по построению комплексной системы безопасности информационной и обеспечивающей инфраструктуры субъектов ИС, цифрового патентного информационного фонда ИС. Предложенные методы и мероприятия использовались при построении эффективной комплексной системы безопасности региональной патентной организации