Рассматривается задача планирования маршрутов группы беспилотных летательных аппаратов в составе перспективной системы доставки последней мили, формализованная в виде двухкритериальной NP-трудной задачи многих коммивояжеров с одним депо. Применение стандартных методов оптимизации для получения точного решения неэффективно с точки зрения временных затрат на их реализацию, и в условиях реальной системы становится необходимым применение эвристических алгоритмов поиска приближенного решения. Для решения поставленной задачи был применен элитарный генетический алгоритм недоминирующей сортировки NSGA-II, хорошо зарекомендовавший себя в случае многокритериальной оптимизации. Для исследования эффективности применения комбинированного иерархического оператора скрещивания в сравнении со стандартными операторами скрещивания было реализовано программное средство имитационного моделирования и был проведен сравнительный анализ результатов применения различных операторов скрещивания в составе генетического алгоритма.