В работе на основе одного из основных общих принципов цифровой трансформации мирового общественного развития в виде формирования механизма управления информацией, основанного на интеграции разрозненных данных в единую систему, анализируется состояние и сравнительные характеристики программного обеспечения разработки сайтов научных аграрных организаций в свете достижения заданного уровня информационной безопасности, поскольку научно-исследовательские учреждения в этом плане не являются исключением. Показано, что в качестве механизма формирования интеграционного пространства научно-образовательных ресурсов может служить единая цифровая платформа этих ресурсов, которая требует разработки цифровых стандартов на все три основные оси проектного пространства информационных систем, являющихся базой такой интеграции: информационные ресурсы, приложения и инструментальная составляющая, представляющая общесистемное ПО и электронное оборудование. Анализ сайтов показал, что, хотя программное обеспечение играет важнейшую роль при интеграции информационных ресурсов и при создании сайтов, в настоящее время наблюдаются в этом плане значительные дезинтеграционные процессы, влияющие на информационную безопасность