В работе предложена организационно–технологическая модель процессов повышения безопасности и устойчивости инженерной инфраструктуры с применением цифрового двойника в условиях дестабилизирующих воздействий, модели и методы анализа критической инфраструктуры, основанные на теоретико-графовом подходе и уравнениях физических процессов, протекающих в сетях и представленных в виде типовых блоков, имитационные модели и онтология анализа инженерной инфраструктуры, развиты теоретико-категорные методы интеграции цифровых моделей инженерной инфраструктуры.