В работе рассмотрены цели, задачи и методы построения системы управления качеством и информационной безопасностью (СУКИБ) цифровых информационных фондов интеллектуальной собственности (ЦИФИС). Приведены характеристики информационных фондов и особенности построения баз данных (БД) ЦИФИС, требования к качеству и защищенности патентной и научно-технической информации ЦИФИС. Сформулированы критерии и показатели качества и информационной безопасности БД ЦИФИС. Рассмотрена формализованная методология построения эффективной СУКИБ, включающая решение задач выбора и оценки показателей качества и безопасности БД ЦИФИС, формирования базы метаданных репозитория ЦИФИС, выбора методов и средств повышения качества и защищенности данных, формирования ролевой структуры комплексной СУКИБ. Предложенные методы и средства использовались при разработке СУКИБ ЦИФИС региональной международной патентной организации