В современной России прикладная наука сохранилась лишь в немногих областях, и в нынешнем виде почти не способна создать задел для перехода к новому технологическому укладу. Это осознано, и принимаются меры к совершенствованию управления прикладной наукой. Рассматриваются проблемы внедрения новых принципов управления в сфере прикладной науки. Эти принципы подразумевают объективную оценку эффективности и готовности технологий, оптимальное планирование исследований и разработок в условиях ограниченных ресурсов. Критерии оптимальности соответствуют национальным интересам. Такая система управления сокращает информационные асимметрии, повышает рациональность принятия решений по развитию науки и технологий. Однако ее внедрение встречает сопротивление на всех уровнях. Рассмотрены с позиций институциональной экономики оценка полезности прикладных научно-исследовательских работ, планирование технологического развития, распределение ресурсов в ходе реализации научных проектов. Определены возможности и предложены механизмы согласования интересов ученых и государственных заказчиков. Особое внимание уделено проблемам, сопровождающим создание центров управления прикладной наукой. В долгосрочной перспективе возможно согласование интересов всех заинтересованных сторон. Рекомендуется прозрачным образом оценивать возможные выгоды от проводимых преобразований для всех участников, совместно планируя дальнейшее развитие. Предложено рассматривать реформирование российской прикладной науки с позиций общей теории больших систем. Выявлены системные факторы инерции и невосприимчивости российской прикладной науки к преобразованиям.