В двух главах монографии, посвященной современным методам управления развитием оборонно-промышленного комплекса (ОПК) России, рассмотрены проблемы и возможные направления реформирования организационной структуры российского ОПК. Предложены экономико-математические модели затрат на разработку и производство наукоемкой продукции ОПК в зависимости от организационной структуры его отраслей (в т.ч. для вертикально интегрированных предприятий и сетевых организационных структур, с жесткими и гибкими межфирменными связями). Разработаны оптимальные стратегии взаимодействия предприятий ОПК в рамках сетевых организационных структур, включая вертикальное взаимодействие поставщиков и заказчиков, а также горизонтальное взаимодействие системных интеграторов финальных изделий. Особое внимание уделено институциональным проблемам структурной трансформации российского ОПК, рискам и препятствиям на пути к прогрессивным организационным структурам. Разработаны модели влияния организационных преобразований на локальные рынки труда, с учетом российской специфики, в т.ч. низкой межрегиональной мобильности высококвалифицированных сотрудников. Предложена модель оптимальной организации разработки сложной наукоемкой продукции ОПК в зависимости от стадии инновационного цикла. Таким образом, существенно модернизирован методологический инструментарий выбора стратегии организационного развития предприятий и отраслей ОПК.