Работа посвящена рассмотрению комплекса проблем повышения эффективности программно-целевого управления социально-экономическими системами. Приведены результаты анализа основных особенностей методологии программно-целевого планирования и управления. Выделены основные преимущества рассматриваемого подхода к управлению социально-экономическими системами. Рассмотрены основные цели и задачи, а также принципы организации мониторинга реализации федеральных целевых программ (ФЦП). Изложены методы снижения уровня избыточности информации в системах мониторинга на основе использования модифицированной схемы И.-М.Марти. Приведены основные направления повышения эффективности систем рассматриваемого класса. Решение задач управления и контроля реализации целевых программ предложено проводить с использованием сценарного подхода. Сценарное исследование позволяет оценивать интегральную результативность программно-целевого управления, важнейшим показателем эффективности которого является достигнутый социально-экономический эффект. Приведены научно-методические рекомендации по совершенствованию механизмов контроля реализации социально-экономических целевых программ. Оценку качества контроля предложено осуществлять на основе значений показателей производственной и финансово-экономической эффективности, результативности выборки объектов контроля, а также уровня его интенсивности. Предложенная модель выборки объектов контроля (исполнителей ФЦП) базируется на построении системы планов проверок в заданных временных рамках, включающей: опорный и пролонгированный годовой опорный план, а также оперативные планы, в основе процедур разработки которых лежит оперативно поступающая информация о производственно-экономической деятельности исполнителей в ходе реализации целевой программы