Работа посвящена рассмотрению комплекса методологических и прикладных проблем повышения эффективности организационного управления. Рассмотрен методологический подход к решению задач диагностирования и оценки основных угроз процессам достижения целей управления. Приведены результаты анализа внешних и внутренних угроз устойчивому развитию социально- экономических систем, их сегментов и отдельных экономических субъектов. Проведен анализ эффективности использования сценарного подхода для решения задач повышения эффективности управления, позволяющего оценивать качество и согласованность множества распределенных во времени и пространстве стратегических и тактических управленческих решений по достижению поставленных целей и снижению уровня уязвимости систем управления воздействию угроз различной природы.