Распознавание специфической нуклеотидной последовательности ДНК связывающим белком определяется «прямыми контактами» между атомами аминокислот белка и атомами нуклеотидов ДНК. Многочисленные исследователи, изучая группу гомологичных белков, определяют важные для распознавания и связывания аминокислоты в рамках данной группы, однако общих, универсальных правил или «кода» распознавания для всех белков по-прежнему не найдено. Поставлена задача компьютерного моделирования статистических закономерностей взаимного расположения аминокислотных остатков и оснований ДНК на границе между белками и ДНК, составляющими комплекс. Разработанная ранее статистическая модель случайного и специфического взаимодействия аминокислот на границе белок-белковых комплексов применена к исследованию белок-ДНК взаимодействий. Для анализа были отобраны все доступные данные о структурах комплексов белок-ДНК в PDB, таких комплексов оказалось 1109.