Предложена система экономико-математических моделей себестоимости разработки и производства наукоемкой продукции в рамках вертикально интегрированных структур, матричных структур с жесткими связями предприятий и виртуальных производственных объединений. Выявлены условия предпочтительности тех или иных видов организационных структур.