Рассматривается актуальная задача классификации морских подвижных объектов по данным гидроакустического мониторинга. Основное внимание уделяется анализу низкочастотной части спектра, где сосредоточена ключевая идентификационная информация, обусловленная шумами гребных винтов и модовыми частотами от судового шума на мелководье. Предложен новый метод гармонических периодограмм, который позволяет выделять и анализировать гармонические структуры в зашумленных условиях морской среды. Упор делается на проблему надежного определения основания гармонических рядов гидроакутсического морского подвижного объекта при низком отношении сигнал/шум и наличии нестационарных помех. Представлены результаты экспериментов на натурных гидроакустических записях, демонстрирующие эффективность предложенного подхода. Показано, что использование признаков, основанных на гармонических рядах, в сочетании с идентификацией дискретных компонент мелководного канала позволяет достичь высокой точности классификации различных типов судов и их параметров движения. Делается вывод о перспективности развития данного направления для создания автоматизированных систем ситуационной осведомленности в морской среде.