Рассмотрены проблемы, цели и задачи обеспечения информационной безопасности и защиты информационных активов интеллектуальных транспортных систем (ИТС). Особое внимание уделено вопросам безопасности фондов патентной и научно-технической информации, являющихся стратегическим ресурсом организаций, их интеллектуальной собственностью. Проанализированы особенности построения и характеристики цифрового патентно-информационного фонда (ЦПИФ) и тематических БД (ТБД). Сформулирована стратегическая цель в области информационной безопасности (ИБ) ИТС и защиты ЦПИФ и ТБД. Определены функции и задачи ИБ. Проведен анализ методов защиты данных ЦПИФ и предложена формализованная модель системы защиты ТБД. Полученные результаты могут использоваться при построении эффективной системы защиты информационных активов интеллектуальных транспортных систем.