В статье приведены постановка и методика решения задачи управления авиационной транспортной системой по критерию безопасности функционирования. Разработана новая математическая модель системной динамики, позволяющая прогнозировать изменение основных характеристик безопасности на заданном интервале времени. Предложена методика проверки корректности модели, использованной при прогнозировании количества авиационных происшествий в год; построены функции невязки между экспериментальными и расчетными значениями характеристик безопасности авиационной транспортной системы. Предложена процедура решения задачи управления авиационной транспортной системой, позволяющая осуществить выбор оптимального плана организационно-технических мероприятий, минимизирующих целевую функцию решаемой задачи. Разработано программное обеспечение, позволяющее осуществить поддержку решений ЛПР при управлении авиационной транспортной системой по критерию безопасности функционирования. Сформирована информационно-логическая схема, характеризующая развитие во времени и пространстве процесса управления авиационной транспортной системой. Разработан модельный пример, подтверждающий возможность использования созданного математического обеспечения в существующих системах управления. Определена структура типового комплекса технических средств, используемого при управлении авиационной транспортной системой по критерию безопасности функционирования, предложена методика внедрения разработанного информационно-программного обеспечения.