Мы рассматриваем задачу проектирования структуры распределенной системы управления БПЛА, которая состоит в поиске наилучшем распределения функций управления БПЛА по пространственной системе узлов управления и техническим средствам. Данная задача в работе сведена к некоторому специальному случаю обобщенной квадратичной задачи о назначении (GQAP), которая сформулирована в терминах квадратичного целочисленного (булевого) программирование. Предлагаемый подход к решению задачи позволяет рассматривать ее и в многокритериальной постановке, которая предполагает поиск множества вариантов построения системы, содержащего не более n вариантов, отличающихся от наилучшего по оптимизируемому критерию не более чем на δ. Разработан полиномиальный алгоритм ее решения на основе метода ветвей и границ, приведены данные о времени поиска решения для различных стратегий движения по дереву вариантов и размерности задачи.