В статье разработана математическая модель для построения цифрового двойника процесса развития эпидемии в одном из регионов Российской Федерации. Приведена постановка задачи, выбраны переменные модели и возмущения, разработана система нелинейных дифференциальных уравнений, позволяющая на заданном временном интервале прогнозировать выход релевантных характеристик развития эпидемии за ожидаемые значения. Полученные результаты могут быть использованы в системах управления умного города, при управлении процессом ликвидации последствий эпидемии в регионах страны, а также в тренажерных и обучающих системах.