В настоящее время у информационных систем МЧС объектового уровня отсутствует подсистема управления ликвидацией последствий наводнений по критерию минимизации ущерба, позволяющая оперативно осуществлять имитацию процесса ликвидации последствий наводнения и за счет этого получить значительный экономический эффект. В статье приведена постановка задачи управления процессом ликвидации последствий наводнений. Для её решения разработана гетерогенная модель системной динамики, основанная на использовании системы нелинейных дифференциальных уравнений, уравнений регрессионного анализа и теории графов. Предложен и обоснован алгоритм решения задачи в условиях временных ограничений режима реального времени. Разработан модельный пример, иллюстрирующий основные этапы решения задачи. Сформировано и отлажено специализированное информационное программное обеспечение с использованием языков программирования C#, JavaScript и Python, на базе микросервисной архитектуры.