Когда речь идет об оценке интегрального риска сложных систем, следует учитывать особенность таких систем, а именно, наличие множества взаимосвязанных между собой рисков и характеризующих их компонентов. Поиск же интегрального (общего) риска без учета корреляций между локальными рисками и их компонентами может привести к завышению или занижению итоговой оценки риска всей системы. Тем не менее, на сегодняшний день, подавляющее большинство исследований рассматривают риск изолировано, то есть без учета влияния других рисков и их составляющих. Также, зачастую, ряд исследователей, при поиске интегрального риска, прибегают к суммированию локальных рисков или суммированию показателей риска для каждого сценария, в случае использования сценарного подхода.Среди качественных и количественных способов, используемых для оценки риска, выделяется механизм комплексной оценки (МКО). Потенциально механизм позволяет учитывать взаимосвязь рисков и их компонентов при поиски интегральной оценки риска благодаря правилам построения, которые дают возможность манипулировать структурой дерева. Однако сам по себе классический экспертный МКО не предлагает способа для формальной идентификации бинарного дерева. В связи с этим возникает необходимость в модификации МКО для обоснованного определения структуры бинарного дерева свертки, позволяющей корректно учитывать структуру риска сложной системы. В данной работе предлагается процедура идентификации бинарного дерева КО риска сложной системы на основе экспертно заданной его иерархической декомпозиции, позволяющая формализовать процесс построения.