Статья посвящена описанию методов анализа научной деятельности и созданных на их основе инструментов для принятия обоснованных решений на всех уровнях управления в научной сфере – от отдельных исследователей до руководителей научных организаций. Проведѐн обзор отечественных и зарубежных исследований в области наукометрии, выявлены основные тенденции, а также обозначены пробелы, на устранение которых направлен проект ИПУ РАН по созданию информационной системы анализа научной деятельности. Проект включает разработку моделей, методов и алгоритмов анализа научной деятельности учѐных, организаций, журналов, конференций в области теории управления на основе данных о публикациях. Эта задача решается с помощью междисциплинарного подхода, включающего сетевой анализ, онтологическое проектирование, методы анализа больших данных и машинного обучения, оптимизации. В основе разработанной системы лежит онтология научного знания в теории управления, основные принципы создания и структура которой описаны в статье. В сочетании с технологическими возможностями этой системы представленная онтология позволяет обеспечить высокий уровень детализации анализа, недоступный в других наукометрических системах (Web of Science, Scopus, РИНЦ и др.). Показано, что принципы создания и структура разработанной онтологии переносимы на другие области исследований. Рассмотрены современные методы сбора и представления данных, методы сетевого анализа и анализа содержания научных текстов. Представлены основные подходы, методы и модели анализа научной деятельности, рассмотрено применение этих методов в разработанной информационной системе.