В статье рассматривается проблема микроэлементного состава продукции агропромышленного комплекса как фактора, способного влиять на устойчивость производственной системы, параметры качества и уровень технологических потерь. Целью исследования стало обоснование модели производственного мониторинга, ориентированного на выявление и предупреждение рисков, связанных с химическим составом сырья, воды, почвы и кормов. В работе применён структурно-функциональный подход, сочетающий элементы нормативного анализа, логико-содержательного моделирования и систематизации экспертных источников. Сформулированы основные уровни контроля и распределения ответственности, предложены сценарии управленческого реагирования и точки интеграции мониторинга в систему управления качеством. Особое внимание уделено связям между содержанием микроэлементов и производственными потерями: нарушением агротехнологий, снижением продуктивности животных, санитарным браком. Выводы исследования могут быть использованы для разработки внутрифирменных регламентов, проектирования модулей автоматического контроля и повышения точности оценки качества на всех этапах производственного цикла. Практическое применение модели возможно как в растениеводстве и животноводстве, так и в перерабатывающей отрасли, включая контроль на элеваторах, молочных заводах и кормовых предприятиях.