В современных реалиях глобальной смены технологического уклада и становления постиндустриального общества инновационная деятельность укрепляет своё значение как важнейший ресурс социально-экономического развития. Территориальные различия в потенциале инновационного развития, препятствующие эффективному встраиванию северных регионов в единую инновационную систему страны, предопределяют необходимость глубокого изучения проблематики их развития и исследования основных факторов и перспектив в сфере инновационной деятельности. Особый акцент в исследовании сделан на северных регионах европейской части России, поскольку они концентрируют в себе более половины кадрового потенциала Севера и определяют стратегические перспективы развития и укрепления национальной безопасности в Арктической зоне Российской Федерации в условиях существующих рисков и вызовов: экологических, социальных, экономических и геополитических. Цель данной работы - выявление перспектив и оценка современного состояния инновационного развития северных регионов европейской части России. В достижении цели применялись методы статистического и компаративного анализа, диалектический метод. Информационную основу исследования составили данные подразделений Росстата, Роспатента и ведомственной отчётности государственных служб регионального уровня. Анализ выявил существующую дифференциацию регионов севера европейской части России в уровне инновационного развития и определяющих его компонентов региональных экономических систем. Важнейшей перспективой преодоления слабых сторон региональных инновационных систем является их интеграция и взаимное дополнение, что достижимо с опорой на новые системные инструменты пространственной организации экономики, в частности - специальный экономический режим Арктической зоны России. Исследование проведено на примере пяти регионов Европейского севера России: Архангельской области, Мурманской области, Республики Карелии, Республики Коми и Ненецкого автономного округа.