Большинство известных квантовых магнитометров имеют на выходе периодический сигнал. Измеряя его частоту, можно оценить значение индукции магнитного поля. Во многих приложениях, таких как аэромагнитные измерения, необходимо увеличивать частоту дискретизации, но это также увеличивает по­грешность измерения. В данной работе описываются два алгоритма получения измерений частоты. Один усредняет периоды за один отсчёт времени, другой усредняет частоту на том же временном интервале. Показано, что оценка ча­стоты может работать лучше, чем оценка периода. Приводятся ограничения для работы описанных алгоритмов в зависимости от характеристик оборудования. Также описывается, как использовать решение спутниковой навигационной си­стемы в качестве эталона времени для обеспечения точности оценки частоты.