В работе предложены модели комплексной оценки и выбора оптимальных систем защиты обработки данных, соединяющие методы экспертного оценивания с математическим моделированием рассматриваемых объектов и процессов. В результате появляется возможность получать эффективные решения при рациональном сочетании информации, полученной от экспертов и объективных данных, полученных в результате измерений и сбора статистики. Разработаны методы оптимизации функционирования территориально-распределённых автоматизированных систем с использованием моделей и протоколов непротиворечивости. Проведены сравнительный анализ и классификация этих моделей и протоколов. Для сравнения использованы вероятностные, временные и стоимостные характеристики.