Статья посвящена разработке прорывной технологии проектирования крупномасштабных киберфизических систем в формате нейронной сети с расширением стандартных средств их на основе онтологической модели причинно-следственных связей. Рассматриваются модели структур и алгоритмов управления, составляющие аппарат математического обеспечения искусственного интеллекта на примере задач совместного развития систем транспорта, обеспечения энергией и связи.