В докладе анализируются некоторые проблемы, связанные с управлением реализацией крупномасштабных проектов развития секторов экономики, критически важных для экономики и национальной безопасности России. На примере «Комплексной программы развития авиатранспортной отрасли Российской Федерации до 2030 года» показано, что для успешной ее реализации необходимо использовать модели и методы оценки рисков, реализуемости и сбалансированности программы по ресурсам и времени. Рассмотрены возможные инструменты моделирования инвестиционных программ и методы управление их реализацией.