В статье представлены результаты исследований в области организации и программной поддержки хранения данных функционирования объектов киберфизических систем, получаемых в ходе экспериментов. Определены основные особенности их хранения: использование специализированных форматов, хранение больших объемов данных разной степени структурированности, поддержка универсальных структурированных форматов данных, хранение сведений о структуре самих экспериментов и сценариях их проведения. Проанализированы технологии построения систем хранения и специализированные форматы данных, учитывающие эти особенности. Предложен подход к построению программной системы хранения и предобработки экспериментальной информации о функционировании объектов киберфизической системы. Архитектура и особенности реализации системы рассмотрены на примере хранения данных экспериментов с группами совместно действующих беспилотных мобильных средств при решении задач перемещения в пространстве и транспортировки грузов. Архитектура предполагает наличие серверного приложения и веб-клиента, взаимодействующего с ним с помощью API-интерфейса, построенного на основе принципов REST. В состав серверного приложения также входят подсистема предобработки результатов экспериментов и конвертер форматов источников данных. Для хранения экспериментальной информации предложено использовать двухуровневую структуру модели данных. Верхний уровень предназначен для хранения информации о структуре и параметрах экспериментов и реализован в виде БД в системе PostgreSQL. На нижнем уровне осуществляется хранение потоковой информации, получаемой от первичных источников данных. Данный уровень реализован в виде облачного хранилища, построенного на основе Яндекс Облака с использованием технологии S3. Результаты апробации разработанной системы при проведении реальных экспериментов подтвердили обоснованность выбранных архитектурных решений. Практическая значимость выполненных исследований и разработок заключается в развитии подходов к построению масштабируемых программных систем хранения данных функционирования объектов киберфизических систем, что способствует систематизации задач и сценариев управления этими объектами при разработке новых технологий и инструментов управления.