Рассмотрены модели и методы стратегического управления крупномасштабной транспортной инфраструктурой социально-экономической системы макрорегиона. Разработка этих моделей и методов основана на системотехнике и использовании формально-логических (математических и когнитивных) моделей управления большими транспортными системами. Развиваемый таким образом подход системной инженерии на основе формально-логических моделей иллюстрируется на примере разработки комплекса моделей стратегического управления транспортной инфраструктурой макрорегиона, включающего Сибирь, Дальний Восток и Российскую Арктику.