При оценке рисков информационной безопасности весьма важным представляется учет характерных для информационных систем видов неопределенности. Существующие методы и алгоритмы оценки информационных рисков могут не учитывать некоторые из них, вследствие чего полученные оценки рисков могут быть искажены. В связи с этим естественным образом возникает задача разработки нового или адаптации уже существующего метода для оценки рисков сложных систем с учётом всех характерных для рассматриваемого класса систем видов неопределенности. В настоящей работе развивается ранее предложенная идея применения для оценки информационных рисков метода комплексного оценивания, предполагающего агрегацию оценок информационной системы по стандартным критериям информационной безопасности – конфиденциальности, целостности и доступности. В первой части работы было показано, что этот метод при соответствующих модификациях позволяет учесть все нужные виды неопределенности. В этой части работы предлагается алгоритм идентификации структуры дерева комплексной оценки на основе принципа сворачивания связанных критериев. Работоспособность алгоритма продемонстрирована на примере построения деревьев оценки рисков конфиденциальности, целостности и доступности для SMART-систем на основе «Интернета вещей».