Рассмотрена разработка алгоритмического обеспечения для навигационного комплекса беспилотных летательных аппаратов, предназначенных для мониторинга сельскохозяйственных угодий. Особое внимание уделено повышению точности определения навигационных параметров в условиях ограниченной видимости спутниковых сигналов и подверженности внешним возмущающим факторам. В работе предложены методы комплексной обработки информации от инерциальной и спутниковой навигационных систем, а также алгоритм выбора приоритетного режима работы навигационного комплекса в зависимости от внешних условий. Проведены имитационные и натурные эксперименты, подтвердившие эффективность предложенных решений.