Рассмотрены основные принципы обеспечения безопасности при использовании графовых баз данных GraphDB. Доступ к базам данных осуществляется с использованием механизма разграничения прав пользователей. Каждый пользователь может иметь имя пользователя и пароль. Кроме того, каждому пользователю присваивается определенная роль из набора: администратор, менеджер репозиториев, обычный пользователь. Может проводиться аутентификация пользователя различными методами. На основе аутентификации осуществляется авторизация пользователя, то есть установление для него определенного набора разрешений. Рассматриваются вопросы шифрования и аудита. Проведено экспериментальное исследование работы в защищенном и незащищенном режиме.