Рассматривается задача моделирования реальных логистических систем, устроенных иерархическим образом. Формируются кластеры потребителей нижнего уровня, отвечающие ограничениям временных окон для каждого потребителя и кластера в целом. На каждом таком кластере строится маршрут агента-коммивояжера и выделяется вершина, наиболее близкая к центральному узлу, которая является вершиной перегрузки товара с большегрузных транспортных средств на малогрузные транспортные средства, обслуживающие кластеры потребителей. Вершины перевалки, в свою очередь, объединяются в маршруты коммивояжера более высокого уровня с учетом временных окон для маршрутов этого уровня. Программная реализация тестируется на известных сетях. Методика применима для синтеза центрального распределительного центра и системных распределительных центров нижнего уровня, а также для расчета необходимого числа транспортных средств (агентов).