В статье рассмотрена проблема моделирования задач транспортировки грузов в беспилотных авиационных транспортных системах, и предложена обобщенная модель, объединяющая комплекс задач нахождения оптимального сценария транспортировки. Рассмотрена модель формирования оптимального плана загрузки БПЛА, и предложен метод решения оптимизационной задачи, лежащей в ее основе. Рассмотрены особенности проектирования и реализации программного комплекса моделирования процессов управления беспилотной авиатранспортной системой, и его применения для моделирования задач транспортировки грузов. Обозначены актуальные направления исследований для развития предложенных подходов и методов.