Предмет. Задача развития отдаленных, труднодоступных и малонаселенных регионов России неразрывно связана с совершенствованием структуры транспортных перевозок с учетом местных природно-климатических условий. В то же время, другой не менее значимой общегосударственной задачей, касающейся благополучия граждан России, является обеспечение защиты окружающей среды. Рациональные решения указанных задач при обособленном рассмотрении каждой из них могут противоречить друг другу, для чего необходимо применение комплексного подхода к изучению проблемы. Цели. Исследование оптимальной структуры единой транспортной системы отдаленных, труднодоступных и малонаселенных регионов РФ по критерию минимума суммарных выбросов парниковых газов с учетом ограничений минимальных транспортных стандартов качества перевозок. Методология. Применяются методы статистического анализа, системного анализа, экономико-математического моделирования. Результаты. Показано, что в малонаселенных регионах России организация местного авиасообщения дает меньшие суммарные выбросы углекислого газа по сравнению с организацией автотранспортного сообщения, в том числе при условии значительного роста подвижности населения. Полученные результаты справедливы как в части сокращения суммарной эмиссии парниковых газов, так и в части сокращения прочих выбросов вредных веществ и других антропогенных влияний, сопровождающих строительство и функционирование протяженной наземной путевой инфраструктуры. Выводы. Ввиду предпочтительности воздушного транспорта перед наземным, для защиты окружающей среды в малонаселенных регионах приоритетным становится именно сокращение удельной себестоимости авиаперевозок, а не удельной эмиссии вредных веществ. Этот вывод усиливается ввиду особой уязвимости уникальных экосистем Арктической зоны Российской Федерации, где наиболее актуальна проблема обеспечения транспортной связанности.