В работе предложен порядок проведения анализа безопасности и выполнения оценки риска при функционировании сложной транспортной системы. Для оценки уровня риска и определения возможных управляющих воздействий, обеспечивающих сохранение требуемого уровня риска в процессе функционирования системы, использован модельно-ориентированный подход, заключающийся в разработке системы вертикально и горизонтально взаимосвязанных моделей нарушенного функционирования для составных частей системы. Изложены основные задачи в рамках проведения анализа безопасности.