В статье отмечается устойчивый рост спроса на инновационную продукцию, являющуюся результатом совместной научной, образовательной и производственной деятельности. Показана тенденция повышения качества такой продукции за счет интеграции различных информационных систем в сфере науки, образования и производства. Проведен аналитический обзор публикаций по теме интеграции информационных систем и создания научных коллабораций. Отмечена необходимость создания в сфере науки соответствующей цифровой системы с целью обеспечения адекватности научной продукции потребностям реального сектора экономики и глобального рынка. При этом учтена потребность в обеспечении эффективного взаимодействия органов государственной власти, научно-образовательных и производственных структур. Обосновано положение, что существующая технологическая гетерогенность создаваемых информационных систем, объединяющих междисциплинарный научный, технический и технологический потенциалы ученых и специалистов, академических и научно-исследовательских институтов, требует использования современных подходов к интеграции и оптимизации распределения цифровых ресурсов, обеспечения их семантической интероперабельности, разработки соответствующего аппаратного, информационного и лингвистического обеспечения. Предлагается для интеграции использовать архитектурный подход с оптимизацией выбора основных направлений развития цифровых решений на основе когнитивного моделирования. Показан пример построения эталонной модели научной деятельности в соглашениях архитектурного подхода к проектированию информационных систем.