В статье описан метод непараметрической оценки величины взаимной информации по эмпирическим данным, заключающийся в минимизации регуляризованного квадратичного функционала в гильбертовом пространстве с воспроизводящим ядром. Используется замена скалярного произведения в обычном гильбертовом пространстве на значение неотрицательно определённой функции двух переменных. Аналитическим решением является линейная комбинация значений воспроизводящего ядра с коэффициентами, вычисляемыми как решение регуляризованной системы линейных уравнений. Приведены результаты оценки связи между вариабельностью сердечного ритма и успешностью работы оператора системы управления через взаимную информацию и через коэффициент корреляции по данным реального эксперимента.