Представлены результаты разработки методологии сценарного анализа уязвимости сложной системы. Рассмотрена иерархия понятий, характеризующих уязвимость сложной системы. Предложена система формальных моделей, которая представляет собой общую модель уязвимости. Выделены различные типы уязвимости, которые могут привести к нарушению целевого функционирования элементов системы и/или повреждению структуры системных отношений. Для имитационной модели представлено математическое исследование, которое дает возможность провести сценарный анализ обнаружения уязвимости изучаемой сложной системы