Рассмотрены проблемы развития малых и средних предприятий сельского хозяйства. Проанализированы особенности моделирования бизнес-процессов в агропромышленном секторе. Предложена система поддержки принятия финансовых решений, позволяющая повысить устойчивость и снизить риски развития малых и средних предприятий сельского хозяйства. Программные модули построены на базе платформы ТЕО-ИНВЕСТ, разработанной в Институте проблем управления РАН. Разработанная система поддержки принятия учитывает особенности бизнес-процессов в сельском хозяйстве, в частности, продолжительность производственного цикла, превышающая период планирования, учет сложной технологии переработки продукции, использование схем финансового лизинга для закупки сельхозтехники и др.