В статье рассматриваются научные основы разработки методов стратегического управления транспортной инфраструктурой крупномасштабной социально-экономической системы. Разработка этих методов основана на системном инжиниринге и использовании единой формально-логической базы – научно обоснованного комплекса моделей управления стратегическим развитием крупномасштабной транспортной инфраструктуры. Многообразие и универсальность формально-логических (математических и когнитивных) моделей управления позволяет оперативно формировать, с помощью системотехники, нужные методы на основе одной или нескольких моделей Комплекса. Полученные результаты системной инженерии на основе моделей иллюстрируются на примере методов стратегического управления транспортной инфраструктурой Сибири, Дальнего Востока и Российской Арктики.