Анализируется ряд проблем синтеза и исследования моделей сложных систем в исследовательских и проектных работах. Рассматриваются элементы общей теории взаимодействий - основы, определяющей принципы построения системы методов моделирования. Даётся краткое изложение основных понятий теории и принципов построения её формальной системы. Анализируются перспективы развития теоретических исследований и решения практических задач с использованием математических методов моделирования.