На основе системного анализа проблемы управления процессом ликвидации последствий наводнений на промышленных объектах и территориях выполнена постановка задачи управления данным процессом. Предложено решение поставленной задачи на базе методологии системной динамики: определены основные характеристики последствий наводнений, построен ориентированный граф причинно-следственных связей, разработана математическая модель, представленная системой нелинейных дифференциальных уравнений, предложена методика, позволяющая уменьшить временную сложность разработанной модели. Проверка адекватности разработанного математического обеспечения осуществлена посредством сравнения результатов решения полученной системы уравнений с реальными данными по наводнению в Приморье в 2001 году. Разработан алгоритм решения задачи управления, в котором управляющие воздействия представлены в виде планов мероприятий, направленных на уменьшение ущерба от наводнений. Разработан программный комплекс, позволяющий определить характеристики последствий наводнений, влияющих на величину ущерба. Он предназначен для эксплуатации в составе существующих систем управления процессами ликвидации последствий наводнений объектового и территориального уровня. Разработана структура комплекса технических средств системы управления процессом ликвидации последствий наводнений. Сформирована информационно-логическая схема, иллюстрирующая основные этапы реализации разработанного математического обеспечения в структурных подразделениях системы МЧС объектового и территориального уровня.