В статье проведен анализ основных тенденций, подходов к созданию и использованию инструментальной базы оценки качества, уровня эффективности деятельности медицинских организаций в РФ и некоторых зарубежных странах. В результате проведенного исследования было выявлено отсутствие единого механизма, позволяющего сопоставлять результативность работы медицинских организаций, которые располагаются в различных субъектах РФ, а также отмечена методологическая разобщенность при выборе показателей и критериев независимой оценки эффективности деятельности медицинских организаций. В недостаточной мере уделяется внимание финансово-экономическим стимулирующим мерам, направленным на повышение медицинской, социальной и экономической эффективности в деятельности медицинских организаций.