Изложены развиваемые автором представления об отношениях идентификации и математического знания, идентификации систем и математического знания, научных основ структурной идентификации и практики. Выделены две центральные проблемы методологических основ структурной идентификации. Утверждается, что темпы разработки наукоемких технологий структурной идентификации существенно зависят от уровня изученности выделенных методологических проблем. Статья содержит 10 ссылок.