В статье было осуществлено исследование базовых факторов, которые оказывают существенное отрицательное влияние на систему экономической безопасности современных медицинских организаций. Также рассмотрено возможное влияние присутствующей системы управления на экономическую безопасность и уровень конкурентоспособности медицинских организаций. Осуществлен анализ процесса внедрения системы LeanHealthcare в современных медицинских организациях, данная система отражается важным инструментом от производственной системы LeanManufacturing. В статье сравнивается влияние системы на совершенствование работы медицинской организации, а также её взаимодействие с системой управления качеством, предоставлением услуг, экономической безопасностью. Исследовав возможный подход разработки цепочек ценностей самих медицинских организаций и пациентов, были выделены обособленные области: ликвидация потерь, общая оптимизация неравенства, сокращение уровня нагрузки. Также были выделены факторы возможного влияния на работу медицинской организации со стороны бережливого производства, проанализирована общность качественных инструментов, мер и подходов в области сокращения потерь финансовых ресурсов в медицинской организации в случае введения обособленной концепции обеспечения экономической безопасности на базе цепочек ценностей.